Съществуват два основни типа пречистване на водите в басейните – механично и химическо пречистване. Механичното почистване представлява отстраняване от водите на басейна на всякакви механични замърсявания от сорта на клонки и листа, парчета пластмаса, тъкани, дърво и др. За механичното почистване на басейна се грижи филтрационната система, каквато всеки басейн задължително трябва да има. Има различни схеми за механично пречистване на водата, например според типа на схемата за почистване се различават басейни със скимери и басейни с преливник, но общото между тях е, че водата от басейна по някакъв начин се отвежда до филтрите, минава през тях, след което, вече пречистена, се връща в басейна.
Химическото почистване на водите в басейните представлява унищожаване на всевъзможни болестотворни микроорганизми чрез третиране на водата с различни химикали. Съществуват няколко метода за химическо пречистване, като най-използвани са следните – хлориране, озониране, йонизация, ултравиолетово облъчване и пречистване с активен кислород.
Хлорирането е най-популярния метод за химическо почистване на басейни. Макар и стар, този метод продължава да бъде доста ефективен и да се използва масово. Обработката с хлор има някои предимства, например дългосрочния ефект, което означава, че хлорирането на басейна се извършва рядко. Хлорирането може да се извършва както ръчно, така и от автоматизирани системи. Химическите реакции, предизвикани от хлора, унищожават повечето микроби и бактерии в басейна. Все пак хлорирането има и доста недостатъци – при недостатъчна концентрация на хлор болестотворните микроорганизми оцеляват, а при предозиране с хлор се появява неприятна миризма, възможно е дразнене по лигавиците и кожата на ползващите басейна и други неразположения. Необходимо е точно да се уцели концентрацията на хлора във водата, която трябва да бъде около 0,5 милиграма на литър.
Озонирането на водата е много по-екологичен и по-съвременен метод за пречистване на водата в басейни от хлорирането. Както показва названието му, при този метод се ползва озон, който е силен окислител и унищожава болестотворните бактерии, а след това съвсем естествено става част от стандартния химически състав на въздуха. При това, ако при хлорирането се унищожават от 90 до 99 процента от микробите, при озонирането ефекта при унищожаването за вредните за човека микроорганизми е 100 процента. Озонирането освежава водата по начин, който не е възможен с други средства – след обработка с озон водата придобива приятни вкус и мирис, нещо, което при хлорирането няма как да се постигне. Единствения недостатък на озонирането е, че е по-скъп метод от хлорирането.
Йонизацията на водата с помощта на сребро и мед е от най-новите методи за пречистване на води. Йоните на среброто унищожават болестотворната микрофлора в басейните – вируси и бактерии, а йоните на медта не позволяват във водата да се развиват водорасли, дори и микроскопически. При това качествата на водата не се променят, не се стига до дразнене на очите и кожата, както това се случва при хлора.
Пречистването на водата с активен кислород е подобно на хлорирането. Технологията му е проста. Извършва се с помощта на химически препарати, които се поставят във водата и встъпват в реакции с кислорода на водата. Както и при третирането с хлор, предозирането с препаратите, предизвикващи реакции с кислород може да бъде много неприятно и дори опасно за здравето на плуващите в басейна, затова е необходимо този метод да се прилага внимателно и от професионалисти в поддръжката на басейни.
Ултравиолетовото облъчване на водата е най-ефективния метод за пречистване, тъй като действително унищожава всички микроорганизми, дори унищожава и остатъците от химикали, останали след химическа обработка на водата. При това свойствата на водата се запазват напълно непокътнати. Всички суперлативи за ултравиолетовия метод могат да наведат на мисълта, че именно това е най-добрия метод за пречистване на водата, но за съжаление той също има някои минуси. Най-големия му недостатък е, че няма продължително въздействие, т.е. веднага след почистването с ултразвук започва ново замърсяване на водата. Следователно този метод е ефективен само ако се прилага много често, например всеки ден.