Въпреки огромния терапевтичен потенциал на стволовите клетки за лечение на много тежки заболявания, учените имат своите опасения от негативни резултати при прилагането на стволови терапии. Разбира се медицината е развълнувана от възможността за спасяване на човешки животи и намаляване заболеваемостта на тежки болести, но в същото време има и пасения за неочаквани резултати и ефекти от използването на стволови клетки. С последните технологии, които са задействали значително увеличаване на терапиите със стволови клетки, концепцията на лечението със стволовите клетки вече не е нещо непознато. Но и двете страни – учените и обществото – въпреки това, не биха приели просто така технологиите без преди това да се замислят за тяхното влияние.
Едно от най-големите опасения е това, че терапията със стволови клетки може да предаде вируси или други микроскопични агенти, които да причинят заболяване. Пациентите, които получават трансплантации често приемат силни лекарства, които отслабват имунната им система. За да се избегне това най-добре е донора и реципиента на стволови клетки да един и същ, но това може да се случи само, ако вече имате съхранени стволови клетки от костен мозък или още при раждането от пъпна връв. В такъв случаи лекарствата, които се приемат единствено за намаляване на рисковете от отхвърляне на имунната система са в доста по-малко количество. В противен случай, ако донорските стволови клетки съдържат някакъв вирус, то тогава реципиента е напълно податлив и неговият организъм е уязвим.
Друг аспект на опасенията от негативно влияние на терапията със стволови клетки е прилагането на животни като източник на хранителни елементи при култивирането на клетките в лабораторни условия. Тези източници могат също да съдържат различни заболявания, които да се предадат на реципиента на стволови клетки. Проблема е, че проверките, които се правят са недостатъчно за откриването на всички видове заболявания, които могат да съпътстват донора. Ето още една причина да се замислите и да потърсите частни услуги за съхранение на частна банка със стволови клетки на много изгодни цени. Това е единствения начин да се избегнат рисковете свързани с предавани заболявания от донора.
Друго опасение свързано с ембрионалните стволови клетки е тяхното също така ценно качество, което ги прави толкова търсени и желани за различни лечения. Ембрионалните стволови клетки са млади клетки и са склонни да растат бързо. Но бързият растеж трябва да бъде внимателно наблюдаван и контролиран от учените. Тези клетки трябва да бъдат култивирани насочени да се диференцират в специализирани клетки с голямо внимание и отговорност, защото неконтролируемият им растеж може да се прерасне в катастрофа. Тези неконтролирани клетки биха могли евентуално да образуват тумори.
Възможността за трансплантиране на стволови клетки в грешната тъкан е още една заплаха свързана с използването на терапевтични стволови клетки. След като стволовите клетки се култивират в лаборатория, учените трябва да контролират и насочват техния растеж и диференциране в специализирани клетки. Учените се опитват да превъзмогнат този проблем като диференцират клетките преди да ги трансплантират. Все още учените знаят твърде малко за контролиране на диференцирането на стволовите клетки. Това все още поставя терапията с тях графата с рисковете от гледна точка на медицината. Но оптимистичното е, че тестовете и опитите продължават и учените набират все повече информация в областта.